Στα Μουσικά Σχολεία και συγκεκριμένα στην Α΄ τάξη των Γυμνασίων των σχολείων αυτών εγγράφονται μαθητές, απόφοιτοι των Δημοτικών Σχολείων, ύστερα από επιλογή. Η διαδικασία επιλογής διενεργείται κατά το χρονικό διάστημα από 15 μέχρι 30 Ιουνίου κάθε σχολικού έτους και σε εξαιρετικές περιπτώσεις κατά το χρονικό διάστημα από 1 μέχρι 11 Σεπτεμβρίου κάθε σχολικού έτους. (Νομοθεσία: Γ2/3850/1.7.98 Υ.Α.), (ΦΕΚ 658/τ.Β Λειτουργία Μουσικών Σχολείων).

Για την επιλογή των μαθητών που θα φοιτήσουν στην Α΄ τάξη Γυμνασίου των Μουσικών Σχολείων, συγκροτείται, για κάθε Μουσικό Σχολείο, Επιτροπή Επιλογής (Ε.Ε.), που ορίζεται με Απόφαση του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, μετά από πρόταση της Καλλιτεχνικής Επιτροπής.

Θέματα στα οποία αξιολογούνται οι υποψήφιοι μαθητές για την εγγραφή τους στην Α΄ τάξη Γυμνασίου του μουσικού Σχολείου είναι : Ρυθμός, Ακουστική ικανότητα, Φωνητική ικανότητα, Διάκριση ηχοχρωμάτων και προαιρετικά ένα Μουσικό Όργανο( ευρωπαϊκό ή παραδοσιακό ), σε επίπεδο αντίστοιχο τουλάχιστον της Κατωτέρας Σχολής. 

Μετά το πέρας της διαδικασίας επιλογής συνέρχεται η Ε.Ε., με πρόσκληση του προέδρου της, και με βάση τα ειδικά φύλλα εξέτασης, καταρτίζει πίνακα επιλογής των υποψηφίων.

Οι γονείς των μαθητών που επελέγησαν για να φοιτήσουν στην Α΄ τάξη Γυμνασίου των Μουσικών Σχολείων, εφοδιάζονται με σχετικό υπηρεσιακό σημείωμα το οποίο προσκομίζουν στο γυμνάσιο όπου γράφτηκε το παιδί τους με το ισχύον σύστημα εγγραφής, μετά την αποφοίτησή του από το δημοτικό σχολείο.